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一、企業不是科技型企業不能申請高新技術企業
由于高新技術企業是頂著“國字頭”的科技榮譽資質，因此很多企業會認為只有科技型企業才能申報高企，其實這是錯誤的。
只要屬于重點支持的高新技術八大領域（電子信息、生物與新醫藥、航空航天、新材料、高技術服務、新能源與節能、資源與環境、先進制造與自動化）即可申報高新技術企業。
二、等達到條件再申請高新技術企業
很多企業存在一種誤解，高新技術企業認定需要完全達到條件后才能申請，從而忽視了前期的規劃準備階段，以及申報高新技術企業前的培育獎勵政策，最終耽誤了最佳的申請時機，錯過了政策紅利的末班車。
在企業未達到條件時，企業可以先申請高新技術企業培育，接受主管部門支持、孵化。另外申報高新技術企業各方面條件均需提前1年規劃，包括知識產權規劃、財務指標規劃、研發人員規劃、研發項目規劃等。
三、高企申報只是單純的材料整理編寫匯總
對于高企申報，很多企業認為讓行政人員把“大厚本”按照資料清單堆積出來就行。首先說的是“大厚本”絕不是簡單的堆砌，他們內在的勾稽關系是評審專家審核核心。
高企規劃是一件邏輯性非常強的事情，其中研發項目、項目成果、知識產權、產品、證明材料等都存在緊密的聯系。有些企業的申報負責人在籌備、申報過程中，扮演著“甩手掌柜”的角色，安排一名行政方面的項目專員，更甚者在申報前1個月才開始著手準備。這是非常不可取的做法，會直接影響企業當年通過率。
高企申報工作是一個需經長期規劃、籌備，保持各部門之間、企業與輔導機構之間有效溝通，是量到質變的過程，絕對不是單純的材料整理編寫匯總。
四、企業只做產品研發、產品OEM定制，沒有資格申請高新技術企業認定
產品研發、產品OEM定制的主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術屬于《領域》規定的范圍，就有申請認定資格的可能。銷售的產品（服務）是否屬于高新技術產品（服務），需要看對其發揮核心支持作用的技術是否屬于《領域》規定范圍。
依照《中華人民共和國促進科技成果轉化法》，科技成果轉化形式表現為以該科技成果作為與他人共同實施轉化合作條件等方式，科技成果轉化是對科技成果進行后續試驗、開發、應用、推廣直至形成新產品、新工藝、新材料，發展新產業等活動。產品研發，產品OME定制，屬于科技成果轉化的一類，不會影響評定分值。
五、知識產權取得必須是自主研發產生的要求
有部分企業認為知識產權的取得必須來源于企業自主研發。知識產權相關方面的指標主要是對技術先進程度、在主要產品發揮核心支持作用、知識產權數量、獲得方式及企業參與編制國家標準等情況進行考核，這個指標并沒有排斥外購、受讓等方式獲得知識產權。
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